L'application de compost et la dispersion d'Aspergillus fumigatus résistant aux azolés

Description

Le Dr Paul George recrute un étudiant ou une étudiante à la maîtrise pour étudier la prévalence d'Aspergillus fumigatus résistant aux azoles dans les composts municipaux et sa dispersion lors des applications agricoles. Le compostage municipal est de plus en plus populaire au Québec. Le compost permet de détourner les déchets organiques des sites d'enfouissement, réduisant ainsi les émissions de gaz à effet de serre, et peut être utilisé comme amendement du sol pour améliorer la production agricole. Les communautés microbiennes du compost sont très complexes et varient souvent en fonction de la nature des matières premières, des pratiques de traitement et du climat local.

A. fumigatus est une moisissure cosmopolite fréquemment présente dans les composts. C'est également un pathogène opportuniste qui peut causer des infections mortelles chez les personnes immunodéprimées. Les infections à A. fumigatus résistantes aux médicaments azolés sont de plus en plus fréquentes en raison de la surutilisation des fongicides azolés, qui favorise la sélection de souches résistantes dans l'environnement. Les composts peuvent constituer d'importants réservoirs de résistance aux antifongiques en raison de l'accumulation de matières végétales traitées aux fongicides azolés. Bien que ces composés soient moins fréquents au Canada, des souches d'A. fumigatus résistantes peuvent être présentes sur les plantes ornementales importées qui se retrouvent dans les composts. L'épandage de compost implique une dispersion mécanique qui crée des bioaérosols. Le transport à longue distance d'A. fumigatus résistant aux azoles dans ces bioaérosols pourrait représenter un risque sanitaire encore non quantifié pour les populations rurales vulnérables.

La personne sélectionnée sera responsable de l'isolement d'A. fumigatus résistant aux azoles dans des composts provenant de différentes installations du Québec. Elle utilisera le séquençage d'ADN et des approches moléculaires pour étudier et caractériser les génotypes cyp51. L'étudiant ou l'étudiante évaluera ensuite la dispersion des isolats d'A. fumigatus résistants lors de l'épandage de compost dans des conditions contrôlées et devra:

1. Maîtriser les bonnes pratiques de laboratoire en microbiologie et biologie moléculaire.
2. S'intéresser à la phylogénétique ou à la génomique évolutive.
3. Être prêt à participer à la collecte d'échantillons, ainsi qu'aux analyses de terrain et de laboratoire.

Une expérience préalable en écologie des sols ou en microbiologie environnementale est un atout, mais n'est pas indispensable.

L'étudiante ou l'étudiant effectuera ses recherches au sein du laboratoire ÆRO dirigé par le Dr George à l'IUCPQ-UL. La personne sélectionnée intégrera une équipe d'écologues microbiens qui étudient l'impact des activités humaines sur les communautés microbiennes et la promotion de la résistance aux antimicrobiens dans divers environnements. Ce projet pourra être poursuivi en doctorat si l'équipe d'encadrement est satisfaite des progrès réalisés.

Exigences et conditions

1. Maîtriser les bonnes pratiques de laboratoire en microbiologie et biologie moléculaire.
2. S'intéresser à la phylogénétique ou à la génomique évolutive.
3. Être prêt(e) à participer à la collecte d'échantillons, ainsi qu'aux analyses de terrain et de laboratoire.

Date limite pour postuler

11 décembre 2025