PhD en graphes pangénomique

Description

Le groupe Modern and Ancient Genomes, situé à l'Université Laval à Québec (Canada), recherche une candidate ou un candidat qualifié pour un poste de doctorat (Ph. D.) en bio-informatique. Dans ce poste, vous développerez des algorithmes et des méthodes informatiques permettant d'analyser de grands ensembles de données provenant de sources modernes et anciennes.

Les algorithmes et logiciels bio-informatiques actuels sont souvent mal adaptés à l'ADN extrait de sources anciennes. Cet ADN ancien présente des niveaux élevés de fragmentation ainsi que divers types de dommages chimiques accumulés. De plus, les sédiments anciens contiennent fréquemment de l'ADN provenant de multiples espèces et souvent de plusieurs individus. Heureusement, plusieurs problèmes liés à l'ADN ancien peuvent être formulés dans un cadre de vraisemblance maximale (maximum likelihood), et des approches issues de l'informatique peuvent aider à résoudre efficacement ces problèmes numériques à l'aide d'algorithmes et de structures de données spécialisés. Le groupe Modern and Ancient Genomes a déjà utilisé des graphes pangénomiques pour résoudre plusieurs de ces défis. Vous collaborerez avec des partenaires en Europe et en Amérique du Nord afin de développer la prochaine génération d'algorithmes et de logiciels appliqués à l'ADN extrait de fossiles, de sols anciens et de sédiments.

À propos de l'Université Laval

L'Université Laval est l'une des principales universités de recherche au Canada, reconnue parmi les grandes institutions de recherche pour l'excellence de sa recherche, de son enseignement et de son innovation. Bien que le français soit la langue institutionnelle principale, notre groupe de recherche travaille en anglais, et les étudiantes et étudiants doivent être en mesure de communiquer efficacement en anglais, tant à l'oral qu'à l'écrit. Nous offrons un environnement stimulant, collaboratif et interdisciplinaire. La région de Québec propose d'excellentes possibilités de randonnée, notamment au Parc national de la Jacques-Cartier et à Mont-Sainte-Anne.

Pour plus d'information, veuillez contacter le Professeur Gabriel Renaud.

Exigences et conditions

Idéalement, vous possédez une maîtrise (ou un diplôme équivalent) ainsi qu'un baccalauréat en informatique, biologie/biochimie quantitative ou mathématiques. Nous recherchons également des personnes avec les qualifications suivantes:

- Connaissance d'un langage de programmation comme Python, Perl, C++ et/ou Java (une préférence est accordée au C/C++).
- Capacité de travailler dans un environnement UNIX, idéalement dans un environnement de calcul haute performance.
- Solide compréhension des algorithmes de base et des structures de données employés en informatique.
- Connaissances en probabilités et statistiques.
- Maîtrise du calcul différentiel et de l'algèbre linéaire.
- Une expérience en bio-informatique et des connaissances en métagénomique constituent un atout (mais ne sont pas obligatoires).
- Une expertise en génération et traitement de données de séquençage de nouvelle génération est également un atout.

Votre dossier complet doit comprendre un CV avec une liste de publications, ainsi qu'une lettre de motivation expliquant les raisons de votre candidature et décrivant toute interruption dans votre parcours. Les documents doivent être soumis au plus tard le 20 janvier 2026 à 23h59 (heure de l'Est).

Les candidatures doivent être envoyées sous la forme d'un seul fichier PDF contenant l'ensemble des documents requis, rédigés en anglais.

Pour postuler, veuillez envoyer un courriel à gabriel.renaud@ift.ulaval.ca
avec comme objet: «PhD application», et joindre tous vos documents en un seul fichier PDF.

Nous encourageons toutes les personnes intéressées à poser leur candidature, sans égard à l'âge, au genre, à la race, au handicap, à la religion ou à l'origine ethnique. Nous encourageons particulièrement les femmes ainsi que les personnes issues des communautés autochtones.

Date limite pour postuler

20 janvier 2026